تعرضت مدينة القدس للكثير من الزلازل والنكبات التي أثرت سلبًا على الثروة العلمية فيها، منها قد تعرض للسرقة والتخريب، ومنها ما بيع بثمن قليل جدًا، ومنها ما وُضع في مكتبات خارج المدينة، أما ما بقي منها في المدينة قد تعرض بعضها للإهمال بسبب الرطوبة والعوامل المحيطة الأُخرى، مما أدى إلى تناقص كبير في أعداد الكتب والمخطوطات، حتى أن بعض المكتبات الشهيرة لم يبقَ فيها سوى نصف ما كان فيها في السنوات الماضية.

بقي حال الكتب هكذا إلى أن تولت دائرة الاوقاف الإسلامية في القدس إعادة تجميع الكتب والمخطوطات والإعتناء بها، وحينها بدأ السيد خضر سلامة بفهرسة المخطوطات وأصدر حينها الجزء الأول منها، وبعدما رأى المجمع الملكي لبحوث الحضارة الإسلامية عمله تم تكليفه بهذا العمل واستمر في هذا العمل، وبعد 3 سنوات من اصدار الجزء الأول قام بتقديم الجزء الثاني الذي ضم وصفًا مفصلًا لِـ 221 مخطوطة محفوظة في المسجد الأقصى من مصادر متعددة منها النادر ومنها الذي تم ترميمه بعد جهود كبيرة.

كما ويحتوي هذا الجزء لى 3 مخطوطات نادرة كُتبت في 170هـ، و20 مخطوطة في 180هـ و31 واحدة كُتبت في 190هـ وهكذا تم ترتيبها في الفهرس، وكما أنه قام بعدة توضيحات مفصلة عنهم.