قام الفراعنة بإخضاع القدس تحت سلطتهم، وذلك تم بسبب ضعف الحكم الهكسوسي، حيث كان حكم الفراعنة ذا نفوذٍ كبير، ومع ذلك لم تكن القدس تحت حكمهم بشكل مباشر بل كان حكمها شبه ذاتي؛ لأن حكامها كانوا موالين للفراعنة.