تعتبر الخانقاه منذ إنشائها مجمع معماري يتكون من مدرسة ومسجد ومئذنة وعدة غرف كسكن للمتصوفين وحلقات الذكر خاصتهم و تهجدهم، أما المسجد فهو يتكون من مكان مستطيل من الجنوب للغرب يصله المصلي عبر مدخل حجري بسيط الشكل وعمقه قليل وعقده مدبب وله 3 أعمدة تعتبر ركيزة لقباب أعلاها تعد من الفترة العثمانية، يوجد فيه محراب لطيف الشكل له حنية حجرية مزينة بأحجار حمراء وأعلاها طاقية فيها عقد حجري مدبب يرتكز على عمودين رخاميين في جانبي المحراب وزخرفتها حمراء اللون وبيضاء بسبب حجارتها التي تحتوي على هذين اللونين، وأرضية المسجد مفروشة برخام ملون من العصر المملوكي، والمئذنة مربعة الشكل لها مدخل شمالي يُدخل إليه بواسطة سلم حجري في الزاوية الجنوبية الغربية وتعلوه شرفة حجرية مربعة لها صفين من الحنيات التي يتميز تجويفها بالشكل المعماري الذي يسمى بالمقرصنات.
وفي الشرفة بناء صغير مربع الشكل وهو نهاية المئذنة وهناك نقش يؤرخ العام الذي جددت فيه المئذنة وهو (1341هـ/1922م).
و للبناء طاقية حجرية، وفي عام 1969م قام الاحتلال بإزالة الخانقاه ولم يتبقَ منها إلا الإيوان القبلي وثلاث غرف وفي عام 1977م أصبحت الغرف الثلاث مقر قسم الآثار الإسلامية والآن هي مقر لمكاتب موظفي المتحف الإسلامي، وأصبح الإيوان مسجد.