قام اللاتين بالاستيلاء على الدير عند الاحتلال الصليبي للقدس بعدما كان في يد الأقباط، ثم أعاده صلاح الدين الأيوبي لهم بعدما فتح القدس.
خُصّص الدير للرهبان وأما الراهبات فقاموا ببناء دير آخر بموافقة السلطان العثماني قرب باب الخليل ويسمى بـ “دير مار جرجس” وتذكر الحجج الشرعية لهذا الدير بأنه تم إجراء العديد من الإعمارات عليه خلال القرن ال19.
أما لزوار الدير، فقد قام الأقباط بتخصيص دير آخر لهم عام
(1255هـ/1839م) فوق الخان الملحق بالدير الخاص بهم أي دير السلطان، وتجدر الإشارة إلى أنه هناك دير آخر يسمى بدير السلطان وسكانه من النصارى ويملك راهب قبطي مفاتيحه وهذا يشير إلى أن الأقباط كانوا طائفة ضعيفة، إذ فقدوا أيضًا الكثير من أماكنهم الدينية ابتداءً من القرن السابع عشر ما عدا دير صغير الحجم والمساحة تم نسبه لهم يقع في اتجاه باب العامود ويسمى بـ “دير الجنة”

