موقع المسجد في انخفاض عن مستوى الأبنية المجاورة، حيث ينزل إليه بوساطة بضعة درجات، أدى إلى إهماله.
المسجد واعتداءات الاحتلال
هدم الكيان المحتل معظم الأبنية المجاورة له عام 1967م، وأقامت عدة أبنية حديثة، وبات أمر اصلاحه وترميمه متأخرًا بظل الحفريات التي تحدث بجوار المسجد.
المسجد والترميمات: في سنة 1979م طالبت لجنة ترميم المسجد دائرة الأوقاف الإسلامية في القدس بوصل التيار الكهربائي، وفي سنة 1983م, باشرت ما تعرف بشركة تطوير القدس أعمال الحفر أمام مدخل مسجد مصعب بن عمير، فأغلق ودخل معترك الاحتجاج بالكتابة إلى بلدية الاحتلال احتجاجاً على هذا العمل وبعد عام من الإغلاق سجلت الرطوبة ضمن معاناته حتى تسببت بانقطاع التيار الكهربائي حتى سنة 1991م.